写真を拝見いたしましたが、余りにも乱暴で粗雑な施工をしているとしか言いようがありません。ホールダウン金物は地震の時に大きな引き抜き力が加わる金物です。できるだけ土台と柱の真ん中に取り付けられなければなりません。

添付写真だけで全体を断じることはできませんが、まさかすべてのアンカーボルトが写真のような状況ではないと思います。多少のズレはどこの現場でもあるのですが、写真の個所は許容範囲を逸しているように思えます。今の段階からでも土台の差し替えを行い、アンカーボルト部分の基礎コンクリートの「はつり」（コンクリートを掘る）を行い、新しいボルトを正しい位置に溶接して埋め直すことができなくもありません。他の個所がほとんど正確な状態であれば、酷い部分だけでも土台の真ん中からホーリーアンカー（コンクリート打ち込みアンカー）でも大丈夫な場合もあります。

いずれにしても、本件のような構造部分の施工時の瑕疵は、竣工した後に問題が発生した場合、瑕疵担保責任という、施工者が法的に責任を負うことが義務化されています。したがってこの法律を盾に業者さんに対しては、瑕疵責任が生じることのないよう、今の段階から然るべき措置を行うよう強く迫るべきでしょう。