基礎工事は、家造りのはじまり。まだまだこれからです。
今からいちいち気にしていては、からだが持ちませんよ。

　もっと、工事業者を信頼して「まかせてあげていただけませんか？」
重箱の隅をつつく。目くじらを立てる。
これらは、不信感をますばかりで、家にとっては良いことはありません。

　そんなに「薄いモルタル」を塗りたいのですか？
　
　薄いモルタルは、必ず割れます。そのときに、「割れたから、直せ」というのですか？
　人間は必ず年をとります。そのときに、「若くしろ！」と、誰に文句を言うつもりですか？
　
　「杞憂」といわれる心配事は、無駄な心配です。

＞対応としては釘の頭に薄くモルタル等を塗っておけな良いのでしょうか。

あまり意味があるとは思えませんが、「気休め」になるのであれば、、また、工務店さんが快くやってくださるようであればそれで、宜しいと思います

＞基礎部分なので、土台引きまでに気になる点は、尋ねてみようと思っています。

気になる点は遠慮無くお尋ねになった方が宜しいと思いますが、お尋ねになるという事は、相手の方を「信じている」前提です。信じていない相手に、質問するのは疑念を拡げます。