基礎パッキンなるモノを、「何」を期待しておられるのでしょう？

　まず、「換気」を期待されるのならば、(モノの詳細が不明ですが）
コマ置きで、問題があるとすれば、隙間が大きくなり、虫などの浸入を許しやすいのかな？ということでしょうか？これも、パッキンの厚さにもよりますし、基礎のモルタル補修の時点で、埋めるなり、コーキングなどでも後処理的に補修できるでしょう。
　また、キット５０ｃｍは間違いで50mmだと思いますが、この程度ならば、布基礎天端の施工の誤差＋パッキン厚の範囲だと思います。

　「強度」を期待されての事であれば、パッキン自体にその期待は無理ですし、すじちがいではないでしょうか？そもそもが、潰れる材質ですよね？
　施工的に、「コマ置き」が柱の下、アンカーボルトの部分は、正解です。
　もちろん、全週にあった方が、ベターでしょう。が、換気の問題に影響します。(これに関しては、数多い種類のどれか？にもよりますが）
　５０ｃｍが厚さではなく、間隔と考えても、通常の施工の範ちゅうと思われます。

　また、「基礎」の強度で言う限り、たかだか「パッキンの一枚二枚」で、かゆいほどにも感じないでしょう。

　住宅の強度に関して言っても、それが原因で、(強度の面で）何かの悪戯をする事は考えられないと思われます。
　

標準外施工である事じたいがお気に召さないようであれば、これは、私がコメントすべき事ではなさそうですので、控えます。

実際問題として「耐震上」何か問題があるか？というご心配であれば、何も問題無いと思いますよ。確かに圧縮されれば潰れるのは道理ですが、現実的に被害が発生するとした場合は複合的な要素となりますので、「その部分だけが」原因で、、という事にはなりません。

交通事故で、怪我をした時、仮に車のどこかのビスが一本、抜けていて、、じゃぁ、そのビスが「唯一の原因」で、怪我をしたのか？。。という事です。耐震上はそのレベルです。他の要素の方が原因としては大きいです。耐震工事をされたのであれば、他の金物系などが、正しく施工されたのかどうかの方が、私は気になりますね。

ただし、、「そもそもビスが一本、足りない事が問題ではないか！」というお話であれば、、「ごもっとも」というお答えしかありません。

実際上、少々気になるようであれば、クサビ状の木片を、隙間に入れれ貰えば宜しいかと思います。

　私の方も、「標準外施工である事じたいがお気に召さない」ようであれば、コメントは控えます。

　「杓子定規」で家が建てられれば、問題は無いのでしょうが、いかんせん現場は、そうはいきません。大小様々の問題点が出、それに臨機応変に対応しながら、進めていきます。
　
　「重箱の隅」(ミクロ）な事も、重要ですが、それにとらわれず、もっと広い視点(マクロ）で、見なければ、栃木さんの言われた、他の金物系・・・・など、重要な点を見逃す事も考えられます。
　

　少なくとも、この件に関しては、「重箱の隅」と理解しております。

　決して、「たかだか、こんなことで・・・・」などとは、考えておりません。ので、
今後とも、ご相談をお願いします。
正直な話は、自分自身も再度調べ直す。再度、確認するということで、大変勉強になっております。他の回答者の方々の回答で逆に自分の間違いもわかりますしね。

　また、気にされていることが、重要なこと、軽いことなどがわかり、安心していただけることだけでも、ここで回答する喜びとなります。　

「重箱の隅」は、クレームを前提としているようで、言葉が良くありませんね。。(^m^;;

私の申し上げたいのは、「耐震上、工学的にはリスクは小さいであろう」・・との一点のみです。

＞自分が不安に思っている事が、重箱の隅なのか真なのかも分からない方がほとんどではないでしょうか？プロが見て隅であっても素人は、説明してもらわないと隅なのか真なのか分からないと思います。


おっしゃる通りですね。（＾o＾

工務店さんは、お客様に対しての説明能力や努力が、少々、足りないように思います。また、エンドユーザーの皆さんも、最初から「猜疑心」ありで、聞く耳持たぬ、、という方もいらっしゃいます。

その間の、接着剤になれるよう、、頑張ります。。（＾へ＾）/