仮に小動物が原因であれば、さすがに建物そのものに瑕疵があったとは言いにくいので、瑕疵担保責任うんぬんを持ち出すのは無理があるかと思います。車のマフラーから、虫が入ってエンジンが不調になったとしても、これは、さすがにねぇ、、車屋さんが悪い、、とは言えないと思いますよ。

昔、我が家にも、猫（結果として判ったのですが）が天井裏に入り込んで、あげくに子猫が壁の間にハマリ込んだ事がありました。最初は、ガサガサしているので、気持ち悪く、どうしていいのか判りませんでしたが、結局、ネズミなどを駆除（シロアリではありません）する会社を、探してお願いしました。
彼らは、やはりその道のプロですから、侵入経路も特定してくれました。

仮に小動物が原因であれば、「巣」を作る前に対応された方がいいと思いますし、建築的な対応が必要であるとすれば、、これは、、自費でまかなうしかないと思いますよ。

残念ですが、現在の不動産流通としてはその程度です。今後、中古住宅などを購入される機会があれば、「購入前」のインスペクション（第三者による検査）を行ってくださいね。

事前であれば、どのようにでも対応できることも、事後となっては（特に相手が仮に動物であれば）その責任の所在は、判りにくいものです。

＞小動物の侵入の跡があり、断熱材が破損されているとのこと

むしろ、これが本当かどうか、、、第三者の方に確認して頂いた方がよろしいのではないでしょうか。仮に小動物の跡ではない。。となれば、これは建物の瑕疵にあたる可能性は高いので、売主責任となります。