多分、「縦揺れ」だとは思います。

私共の言い方ですと「床が柔らかい」という言い方になりますが、イメージとしては「トランポリン」。決して、人が載って「抜ける」訳ではありませんが、当然、揺れますよね。ところが、あのネットを針金ししたら、格段と揺れは小さくなります。でも、、、ちょっとは、たわむかな？柔らかい材料で作ったトランポリンは「大きく」「長く」揺れますが、硬い材料で作ったトランポリンは「小さく」「短く」揺れます。

木も、鉄も、コンクリートも、僅かではありますが、必ず「変形」します。人間が生活していて、気がつかない程度まで小さくしているので、一般的には変形していない、、と、思っているだけなのです。

さて、あなた様の場合ですが、実際にそのような現象が発生しているのであれば、当然、販売主に申し立てて然るべきでしょう。早めの方がいいと思います。申し立てた日付や方法、相手先の担当者の名前、他、、今後の交渉の経緯は記録しておきましょう。

先方が対応を渋る、、あるいは、「何も問題は無い」と言い張るようであれば、こちら側も、独自にチェックしてみましょう。

木造３階建てであれば、必ず確認申請を行い、構造計算も行なっているはずです。その計算書を、構造計算に詳しい設計事務所さんにチェックして貰って下さい。内覧同行してくれた一級建築士さんじゃない方がいいかな？（一級建築士さんの全てが、構造計算に精通している訳ではありません）
計算書と現場を照合すれば、ある程度、原因は特定できると思います。

普通に想像できる原因としては、「階段の両側が吹き抜け」「確認申請時の計算で必要とされる梁せい（梁の縦の長さ）より、小さい材を使った、、、あるいは、違う材種の木を使った」「梁、それぞれは計算上、クリアしているが全ての材がギリギリなので、全体としては弱い」などなどでしょうか。。。

今の時点で、「欠陥」という言葉は使いませんが、現象が発生している限り、必ず原因はあります。木造ですから、原因さえ特定できれば、その補修は出来るはずです。

少々、しんどい交渉になるかもしれませんが、頑張ってみて下さい。

　揺れの「感じる場所」ですが、
降りている方が、その階段で・・・・　でしょうか？
他の方が降りている、その周辺で、あるいは、家全体で・・・・でしょうか？

　それにより、根本的に変わるかな？と思われます。

　前者の方であれば、栃木さんも言われた事、その通りと思います。

　後者の方であれば、問題があるかもしれませんね。
それをもう少し詳しくご説明願いたいと思います。

　また、栃木さんの言われるように、どのような物件においても、ゆがみ、しなり、などの動きはあります。
　木造の場合は、特にこの部分が「柔らかく受け流す」という考え方になります。木造の「五重の塔」が地震で倒れないのは、そのためです。
　超高層ビルの考え方も、それに沿っています。
　頑丈一点張りとばかりに、「堅く固めて」失敗した建築物も存在します。
建物の半分で、「折れてしまった」物件などがあります。

　多少の揺れは、「ある」。という考えに乗って、後の動きをしてくださいね。何が何でも「揺れを止めろ！」となると、他に無理が行きます。

　ご相談を読む限りは、（前者の状態であれば）問題がある、無い　　は、ボーダーライン上？と感じましたが・・・。

　クラビアさんの言われることも含め、「杞憂」なら良いのですが、

　「揺れる」と一言で言っても、人により感じ方、表現の仕方が異なります。実際、揺れ方も様々あるわけで、・・・・。
　震度１の揺れでも、飛び起きるかたもいれば、大地震の中、高いびきのかたもいるのです。

　私たちも、「揺れるな？ああ、あそこか？」という時とか、「揺れる？ああ、これは、当たり前の揺れだから。」というときもあります。もちろん、我々でも、「うわーー、恐いほど揺れるぞ！」ということもありますね。
　建て方などで、まだ完全に固まっていない時など、また、足場の高いところとか、慣れないと恐いですよ。

　　
　この件は、私としては、
　お近くの「専門家」・・・責任もって調査、報告の出来る方・・に依頼されて、詳細に調査されることをお勧めします。
　地元の「建築士会」などにご相談されると、良いかもしれません。
　決して、「善意の他人」・・・悪意はないが無責任なコメントをする方・・には、ご注意を。不安はあおっても、解決はしません。