すべて、写真、書き込みをもとに、私のイメージで現場を考えたモノであることは、ご承知おきください。

>完成したウッドデッキの屋根は、屋根の柱と、家の外壁を90°になった金具で3カ所固定されていました。地震や風によるブレ防止とのこと。外壁>に穴を開けるといった説明や図面はなく、当然のように開けられたため
>びっくりしてしまいました。

　私も、同じような事をするでしょうね。無いわけには、いきません。後の責任問題も絡んできます。
　もし、あなたに相談したとして、「打たないでください」と言われても、説得に努めるでしょうね。
　言い換えれば、工務店側に言わせれば、「当たり前の事を当たり前にやって、何を言われるの？」と言うことでしょうね。
　因みに、固定しないで、どうする事をお望みなのでしょう？
　　

>住宅メーカーに問い合わせ見てもらったところ、穴を開けられたら部分が>原因でひびや腐食など何か起きた場合、住宅メーカーで入った補償はき>かなくなると言われました。

　私がメーカー側でも、同じことを言います。要は、自分の責任を避けるためです。これも、至極当然です。
　かという、彼らに同じ施工をさせたら、(説明する、しないはともかく）ほぼ同じことをするでしょう。しないわけはありません。

>また固定していた釘は3cmで内側のベニヤ板にささってる程度で、大きな地震がきたら抜けてしまう、そして、屋根が外壁に当たらないように直し、固定されていた所は外して外壁をコーキングするべきと言われました。

　自分が責任の及ぶことでない件は、そんなモノです。無責任にどんなアドバイスも、感想も、評論も出来ます。
　あなた！じゃあ、やってよ！！といってご覧なさい。普通は尻込みしますから。

>立腹されてしまい、翌日には90°の金具は外されていました。外壁と柱はまだ接していて、その後工事にはくる様子がありません。

　私も、キット「けつまくる！」でしょう。気持ちは痛いほどわかります。
決して良いことでは無いのですが・・・・・・・

>直していただけるか不安です。

　誤解の糸を、どう　ほぐすかでしょう。必要以上に下手に出なくとも良いです。「誤解していたようです。もう一度、相談したいのですが？」で十分とは思います。

>この件に関しては設計図もなく、具体的に説明もなく始まった工事ですが、やはりこちらが下手に出てお願いしなくてはならないことなのでしょうか。

　依頼された経緯がわかりませんが、その時点での話し合い、説明で十分動ける。というか、動いてしまうことが多いと思います。
　図面なんて！という昔気質の方に限って、「へそを曲げる」事が多々あります。これも、決してほめられることでは無いのですが。

　写真で見る限り、「良い仕事してますね〜〜」だと思いますけど？

>柱をコンクリートで地面に固定するだけだと思っていました。

　考えてみましょうか？

まず、　「木」　の柱を　「コンクリート」　に埋め込んで、その時は問題なくても、
何年か後には、腐ってしまいます。(ほぼ確実に、コンクリートと、外気との接点のあたりで）
その時、どうすれば、倒壊を防ぐことが出来るのでしょう？

「てこ」を思い起こしてください、単純に埋め込んだだけ。とすると、倒れないために支えている「支点」になっているのは、先ほど、確実に腐るよ！？と言った、コンクリートと、外気の接点部分です。わかりますかね？

ここで支えるのと、柱の先で支えるのと、どちらが　「小さな力」　で、支えられるでしょうか？逆に、柱の先に　「倒壊」しょうとする力」　が、働いたとき、どちらが小さい力で倒れてしまうと思われますか？ましてや、腐りかけてきた位の時期に・・・・

　工務店の方の対応が(説明責任や、図面の有無とか）良いとは、決して言えませんが(逆に、攻められるべきことです。）彼らの、「あたりまえ」と、お客様の「気持ち」の接点も、柱と同じで、大きな力と腐りやすさに曝されていたのでしょうか？