1.勝手に建物の高さが勝手に変更に(50センチ程度)なっていて、当初の金額から30万円程度増額になっている。しかも構造計算済みなので戻すことはできない。

2.耐震等級2は大丈夫です。と言われて申込みしたが、構造計算(許容応力計算？)をしたら基礎に鉄筋を追加しなくてはいけなくて、これまたプラス30万円になっている。※規定の仕様は満たしているので、構造計算の結果を無視すれば増額なしでも対応できます。と言われました。


構造計算する、実務の立場なので、状況は概ね想像つきますが、これがハウスメーカーの限界なんでしょうねぇ。。
多分、「建物」の増額分では無く、単に、構造計算を外注に出したから、その費用なんでしょう。もう一回、計算するとなると、、また、更に、、となりそうです。
設計事務所的には、納得するまで何度でも繰り返すんですが・・・



上記のような事がはじめからわかっていたら金額的にもこのハウスメーカーとは契約しなかったと思います。

「この」ハウスメーカーと言うより、前述の通り「ハウスメーカーこそ」の限界です。


こうした程度くらいの仕様変更、金額変更は当たり前なのでしょうか？
こうした状況を理由に申込みを辞めることは可能ですか？既に申込金は払ってしまっていますが、返金されるのでしょうか？

「ハウスメーカー」としては有りうる事です。払い戻しについては、多分、申込金をお支払いになった時の、なにか書面があれば、その裏？に免責としていろいろな事が書いてあるやもしれませんね。
あくまでも、契約者相互の「契約事項」なので、コメントする立場にありませんが、「特約」として何か、書面を交わしていなければ、喧嘩する価値はあるかもしれません。


ハウスメーカー側のミスともとれるのですが、こういったケースは仕方ない事だと我慢せざるえないのでしょうか？

ミスではありません。ハウスメーカーのスキームとしては、こうゆ〜ことなんです。よしんば、違うハウスメーカーに依頼しても、同じ事かと思います。あなた様の場合、早いところケリをつけて、きっと、どこか信頼のける設計事務所に家づくりをご依頼になったほうが、しっくりくる家づくりができそうですね。