瑕疵担保責任履行法と云う法律は、設計から竣工までの期間において、雨漏りと構造体において瑕疵（ミスや不具合など）があった場合、その責任を施工者等に義務付けした法律です。
本件においては、先ず雨漏りか否かの要因を特定しなければなりません。
同様の事象は、小屋裏への結露などでも生じる場合があります。
結露の場合は瑕疵担保責任の対象となりません。

確実に瑕疵責任が及ぶ、雨漏り事象だと特定された場合は、そのことで生じた問題を施工者間の責任で対応させることが可能となります。
全てを質問者の言いなりになるか否かは、6年間の経年変化の状態も加味される場合も在り得ます。

また、竣工後において何らかの外的な要因による雨漏りも瑕疵責任の対象にならない場合があります。
例え瑕疵責任の対象外であっても、施工者側は、道義的な責任があります。
施工業者との信頼関係を損ねないような対応が賢明かと思われます。