まことに不本意な回答に聞こえるかも知れません。が、あなたに責任は無いにしても、業者など、他の部署への責任は問えないと考えます。

　正直なところ、二年ほどでシミが出るというのは、早いかな？とは思いますが、
クロス職人の言う

>壁紙を貼る前の面の汚れを取らないでクロスを貼ってるので、おがくずやボンドなど施工時の職人さんがベタベタ触った手の汚れがクロスから浮いてシミになっているのだ

と言うことに否定も肯定も出来ませんが、もし、そうであったにしても、誰を具体的に責めることも出来ません。
　貼る前に、下地をちゃんとすれば良かった。・・・貼った者は言います。
　貼る前に、掃除なり清掃なり、ちゃんとしろよ。・・・言われた方は言い返すでしょうね。

　自分の責任が無い。自分は部外者・・・・そういう人々の「アドバイス・意見」ほど、「無責任」なものはありません。・・・・おまえもだ！と言われても、反論は出来ませんが。
　
　プチリフォームをお考えで、その気がおありならば、その「クロス職人」に、「下地の処理」も含めて、頼んでみてください。
本当に責任を持った、意見か否か？対応でわかるかも知れません。
　口だけで無責任なら、逃げを打ってくると思われます。
「下地を直しきれない。から、俺がやってもなるよ」とか、「忙しいから、出来ない。新築の時の業者にやらせなよ」とか、「新築の業者なら、クレーム処理でやってくれる。(俺はやらない）」とかね。

　今の現場に来ている「職人さん」に聞いてみましたが、
「おそらく、灯油などの気化の遅めの油ではないか？」という見解でした。

　鼻の脂？ではなく、配管工事等の油、暖を採った時のアブラナのではないか？という見解です。
　剥がした時点で（貼り替えをする前提ですが）完全に乾燥させるか、パテごと剥がしてやり直すか？でしょうね。