すべてがすべて・・・・問題無い。・・とはいえませんが、

　「あら探し」「重箱の隅をつつく」の必要は、無いと思いますけど？

　そんなに信頼できない「業者」に、なぜ？発注したのでしょう。
なぜ、そんなに信頼の出来ない方々と、「お話をし、相談をし、依頼をし、契約までした」のでしょう？

　とりあえず、今回の足場の件は、
業者のやり方、工程の管理上の順番、等々あります。
許容範囲の範ちゅうだと思いますよ。
　逆に、「後の処理の問題では、その方が良い。」という考え方もありますしね。

　基礎の件ですが、過去の相談を見ていただけると、同様な物がいくつかありますが、問題は無いことです。
　これを、「はつって取る」・・・・という方が、よっぽど悪影響が大きいですよ。
モルタルかぶしてもいいでしょう。が、あくまで美観の問題です。
　私なら、「気になるんなら、錆止めスプレー売ってるから、買ってきて塗っときな！」と、言って、おしまいですね。