>ベランダが全て釘留めされていることに納得できません。

　なぜ、そういう納めをしたのかがわかりません。
必要もなく、あえて面倒な方を選択する意図がわからないのです。
　必要な何かがあったものと、考えます。
納得できる。云々ではなく、理解すべきと考えます。

>　それによって、ひび割れや欠けが発生しています。

　通常の施工業者であれば、ドリルで下穴を開け、釘を打ちます。
それもしないとなると、業者として「？」ですが、どうだったのでしょう。
　ましてや、金具止めで施工していて、釘が必要な部分であれば、必ずやるべきことですが。

>　金具留めで張り替えしてほしいです。

　納まりの関係で「釘」での施工しか出来なかったとすれば、無理な相談でしょう。
納まりなり、下地材なりを、変更・改良して、何とかする余地があるか？無いか？
でしょうか。

>新築なのに、キズだらけで、とても残念です。

　ひび割れや、欠け・・・・が本当に問題であるのであれば、臆せず要求すべきだと、思われます。「法的な・・・」は、ほかの回答者の方々に任せるとして、
　施工の問題でのキズは、あなたが悪いわけではないと思いますよ。

　ただ、「金物」を使用してほしいけど、「釘」だったから、・・・「キズ」だ。
という主張であれば、賛成はいたしかねます。