>暫くすると風が強い日に通気口 辺りからパタパタと音がするので施工会社に電話するとサイディングの隙間のシートが、きっちり留まって無いためだと言われて

　通気層内で、「通気防水シート」製品名で、タイベックと呼ばれるシートの継ぎ目で音がする。と思われます。
　この継ぎ目は無いわけにはいきません。もちろんシート自体が無いわけにはいきません。
　通常、これは、横張りで施工し、下から張っていきます。つまり、下から風が強く上がれば、張り重ねの部分が、吹奏楽器の「リード」のようになるわけです。それが、「音の正体」と、思われます。

>すぐ直しにきたのですが直しかたが、発泡ウレタンを下から注入して終わりでした。

　要は、「リード」になっている隙間を塞げば、あるいは、風の吹込を止めれば。という判断と見受けます。

>これでは通気しないんじゃ無いの？と聞いたら部分的なんで大丈夫との答えでした。こんな簡易的な直しかたで大丈夫なんでしょうか？それとも、きちんとした直しかたがあるんでしょうか？もしそうなら、どんなやり方で直すのでしょうか？

　実際に現場を確認できているわけではないので、結論はでませんが、
決して褒められはしない。と思われます。ただ単に「音を止める」だけの対症療法にすぎません。おっしゃるとおり、通気はできません。・・・・その列(通常、下から上へ一本の列状にしているはず）だけですが。
大丈夫か？否か？は、規模にによりますが、一列、二列のことであれば、音と引き替えに考えて、
　「音がいや！」というなら、しょうないか？レベルだと思います。
　「音は我慢する、通気させて！」というのなら、ウレタンを撤去してもらい、直しましょう。
　
　直し方は、外壁を張り替える。覚悟がいります。
金物使用ならば、再利用がききますが、釘打ちならば、ほぼ、再使用は無理です。足場は確実にいります。張り替えは、下からでは、無理ではないですが、お勧めできません。最上部からのはがしになります。金物であれば、なおさら。
　要は、はがしてしまったあと、シートの継ぎ目をテープなどで塞いでしまおう。ということです。

　　私なら、強風時だけの「音」であれば、それほどの負担をしてまで、直す事はしません。が？
　因みに、それを業者に負担させることは、不可能。と思います。