いろいろご苦心されて、状況をお知らせいただいているようで、、、ありがとうございます。

ただ、、残念ながら、いただいた情報では、「正確には」全く判断できません。

一般論としては、「有り得る事」ですね、、、としか申し上げられません。

残念ながら、現在の法体系では、あなた様のお宅規模の住宅の、梁や柱のサイズや組み方に関しては、「設計者の責任で行え」という前提で、確認申請にも添付の義務はありません（検討をしなくて良いという事ではありません）
現実はプレカット屋さんの作成した図面などに頼っているのが、実情です。
また、そのプレカット屋さんの計算スキルにも、差があるのも実情です。

秋田県ですと、積雪荷重なども細かく設定すべきと思いますし、不安があれば、「許容応力度計算」をしてください、、とお願いするか、それが出来る設計事務所さんなどに、費用負担してお願いしてみるのも、一つの方法かと思います。

サイズ不足の場合は、内装の石膏ボードなど貼る前でしたら、補強も可能です。

少なくとも、明らかに「おかしい」という印象は持ちませんでした。

　秋田の標準的な施工と、北海道のそれとは多少違うのでしょうが、
全国的な事として、「長尺材」の調達は困難なのは、変わらないと思います。
　昔々の建物の妻梁と言えば、長尺物で一本物の丸太梁で、あえて反った物を上に反った使い方で使ったものです。
が、現状は（予算は糸目を付けない・・というのでなければ）不可能でしょう。寺社の建築でもなければ、見られないかもしれません。

　長さが不明ですが、略図を見る限り　５間（２間+１間+２間）、九メーター間口だと思います。定尺が２間ものですので、こうなるものと思います。
　これを、適切な「継ぎ手」「金物」で施工される限りは、問題は無いと思いますし、現状はこれが標準的な施工でしょう。「欠陥」といわれる事は無いと思いますよ。
　プレカット・・であれば、二ヶ所の継ぎ手は、「かまつぎ」と言われる継ぎ手だと思います。
これも略図で読む限りは、通常でしょう。昔の大工さんなら、「台持ち継ぎ」かな？とは思いますが、今は金物をふんだんに使用しますので、問題は出ないと思います。

　構造仕様書・・・云々は、他の方々におまかせしますが、
私が見るところ、建て方、木組みから見て、問題は無いです。