まず、一枚目の写真
　土台水切りが、あってもおかしくないはずです。なぜ、無いのかは聞いてみる必要はあります。納まりのよっては、無くてもおかしくはありません。
し、無くして、すっきりとしたイメージを重視する考えもあります。
要は、水切りの用途的には、写真で見る限り、「デザイン上のこと」だけです。
（できれば、詳しく現況を教えていただければ？）
　　

　二枚目ですが、
　ここを「屋根まで付ける」とか、「コーキングする」とかは、しません。というより、外壁業者の言う、「外壁材の裏に風を通す」(通気層工法と言います）大事な隙間です。決して「ふさぐ、かくす。。。。。」などいたしません。

　三枚目ですが
　お気持ちを理解しないわけではないのですが、「窯業系(セメント系）サイディング」であれば、この部分に防水剤を塗布しますし、場合により、塗装する場合もあります。が、金属系・・・・であれば、通常はそのまま。と言うことがほとんどでしょう。
　因みに、窯業系の場合、ご心配のように「こぐち」から水が浸みます。
金属系は「ウレタン」ですので、ほぼ、浸水しません。
　強いていえば、アルミ無垢材ではなく、アルミ合金の場合、材料の切り口の「防錆処理」をするかな？くらいでしょう。
　赤い汁が垂れてくる・・・・のような現象は、まず、発生しないと思います。

　雨漏りの心配は、通常の施工で行われている。と仮定する限り、問題はありません。

　

　私の説明が、いらぬご心配をかけていなければ、良いのですが？

　まず、「水切りの用途的には・・・・。」の部分は、業者の言っている、
土台に水が流れる心配は無い。・・の通りです。何の心配も無いです。

　私は、「すっきりした印象」にしたかった？(業者が？）のだろう。と、考えておりました。

　で、これを、土台水切りを付ける。・・・・・ということになると、実は、大変な事でして・・・・
　施工の順序として、まず、水切りを付け、スターターを付け、下から順に張り上げていきます。つまり、「全てやり直し」ということになります。
　
　業者とよく相談をしてください。ということになりますが・・・・・。

　今後のことにおいても、機能の件に関しても、致命的な事ではないと思われます。ちょっと、「酷」だと思いますが？いかがでしょうか。