2回にわたり質問されていますが、まとめて回答いたします。
最初の「染み」ですが、基礎コンクリートの上をモルタルの刷毛引き仕上げをしたものです。

モルタルが地盤面の湿気を毛細管現象で吸いこんでいるように見えます。
二枚目の写真は、コンクリートをモルタル金ごて仕上げをしたものです。
モルタル仕上げでは、このようなヘアークラックや毛細管現象を完全に防ぐ事がとても困難です。

コンクリートとモルタルは全く素材も配合も異なりますので、コンクリートが同じような状況にはならないと思います。
特に基礎コンクリートに亀裂が入り、構造体に影響を与える場合は、「瑕疵担保責任」と云う法律で建主が施工者の責任を問う事が出来ます。
この事を施工者にしっかりと認識させて、対応要請をすべきです。

排水管の穴に詰めモノをしているようですが冷媒配管を同じ穴から通しているように見えます。本来はモルタルで完全埋め込みが基本です。
しかし、冷媒配管のメンテナンスなどを考慮して取り外しの出来る、パテかコーキングのようなもので埋めたのだと思われます。
確かに美観を損ねており改善を促す要請をすべきでしょう。