私の場合は「施工者」の立場に近いと思いますが、
まず、ダクト配管の未施工ですが、
　発見され、手直しされたということは、「換気」の役目はしているわけですよね？その件は、剣を納めていただければ？と。
その経路の図面化、現場対応の件ですが、
　施工後の確認、手直しのためにも、簡易でもよいので、図面化しておくことを、おすすめします。最悪は実際に施工した者を呼んでもらい、自分で平面図に落としてもよいと思います。
　その時に、「なぜ、図面と相違するか？」を聞くことも出来るでしょう。
　言われる方から言わせていただくと、
頭ごなしに「なんで無いの？」調ではなく、「後のメンテの時、図面がないと、大変にならない？」みたいに言われると、動かざるを得なくなりますね。
　工事管理してないの？の件ですが、
返す言葉が無いのは事実だと思います。
言いわけに終始するわけですよね？「忙しかった。ちょうど他の用事と重なった。云々」
　責めても解決はしないのでは？とりあえずは、責めておいて、先の図面化を、確約させる種にするとか、のように、「かしこく」業者をあやつるわけにいきませんか？
　業者の「プライド」をへし折るのではなく、「プライド」をくすぐって、みたらいかが？今後の長いつきあいを見据えて、「呼ばれたら、ことわれないや！」というお客様になりませんか？　
　
　

お叱りを頂いている「設計事務所業界」に身をおく者です。（＾ｍ＾；；；

まず、take　chanさんは、「一般ユーザー」となっていますが、多分、このwebをご覧になっている工務店さんの方だと思います。そのような意味での「私の場合は「施工者」の立場に近い」だと推測しますので、、、一応、かばう訳ではありませんが・・・
（無論、面識もありませんので、推測です）

＞お客様サイドに立ち、いきすぎるくらいの思いやりが施工側にあってもいいのでは？と考えてしまいます。人間だれしもミスをする。そして反省し人間的な対応もまた、人間だからできることでは

おっしゃる通りだと思います。

設計事務所も能力の差がピンキリで、私自身、反省、勉強の日々です。昨今、デザイナー住宅と称して、10年後どうなってしまうんだろう・・・？？と心配になるような住宅がもてはやされるのを、本音では苦々しく思ってもいます。また、とかく設計事務所の所長さんは「先生」と呼ばれるらしく、実力の割りには妙にプライドがお高い方が多いのも事実です。

ラウチャイさんの件、私が直接の当事者じゃありませんので、双方の交渉経緯、信義に関わる部分に関してはコメントを避けます。

ラウチャイさんの御宅は今後、数十年の寿命があります。それを考えると、「信頼関係」の無い相手と付き合うよりは、スッパリと縁を切るのも一つの手かな？と思います。先方のミスも、責任を法的に問えば、問えなくも無いとは思いますが、実際のお話、最終手段として法的にジャッジメントしてもらっても、お腹立ちの程度に比べて「実入り」が少ないのもこれまた悲しい現実です。

実際の工事に対する「被害回復」というより、心情的な部分が大きいような印象ですので、スッパリ縁を切るか、縁を切るにしても法的に白黒つけてから縁を切るか、大人の対応でそれなりに付き合っていくか、、、どこかで決断しなければならないかもしれませんね。

こんなお答えしかできず、恐縮です。

　栃木さま、わたしのことを代弁していただき、感謝いたします。
ラウチャイさま、わたしの素性でございますが、
名前の通り「羊蹄山の麓」の某建築会社で、「リフォーム」部門におります。
一応、「増改築相談員」とか、「建築大工」２級技能士、指導員等の資格は、
取得しております。（建築士が、無いのですが・・・・）
　図面でモノを言うよりも、「現場」で見たモノが正しい。なんて、いちょまえに考えてます。
　で、どうしても「施工者サイド」での物言いになり、
「現場を見ないと、なんとも言えない」ということになります。

貴重な質問の場所で、自己紹介もなんなんで、この辺で！