まずは、気になる部分は、実際に行う方々に「養生してください。」と、言うことでしょう。
「いらない。」というなら、後は信頼する事ですね。「そんな予算もらってない。」というのなら、とりあえず、ストップかけておいて、担当者に言うことがいいと思います。
　

>家を建てる時はドアをつけた後でフローリングにワックスを塗ると住宅メーカーのアフターサービスの方に聞きましたが、・・・・

　ドアを付けたまま、金物などが付いたまま・・・・が、良いとか悪いではなく、おそらく・・・ですが、「ワックス」の作業が、「竣工美装」の一環として、最後の最後に設定されている。という事情ではないでしょうか？また、そのようなタイミングでなければ、ワックスに「ホコリ・ゴミ・・・・・・」入り放題になってしまいますよね？ご理解いただけるでしょうか？
　で、そのようなタイミングの時に、建具をはずす、金物をはずす、・・・・。
それにより、必要のない傷を付ける。ゴミを出す。・・・・・避けたいですよね？これも、ご理解いただけるでしょうか？

>ドアや押入れの扉に剥離剤やワックスがつかないように養生はしないものなのでしょうか。また養生をするとしたらどのような方法があるのでしょうか。

　養生は、特別な事が無ければ、「してください」と言えば、断らないと思います。し、ある程度〔お客様の満足度とは別次元ですが）は、自分たちがやりやすいために、必要以上に汚さないために、自主的にやりますよ。
　あえて言えば、マスキングテープとか、ビニールシートとか、専用のマスキングシートなど、最悪でも段ボールを敷くとか・・・・・いろいろと、ありますが？
　
　プロのワザを見せてよ！？・・・とか言って、信頼して見てれば、良い仕事をしてくれるかもしれません。　くれぐれも「重箱の隅」を気にしないということで、いかがでしょうか？

　私は、熱中組ではないのですが、たとえば、野球中継。
プロのワザを見せてよ！という時、失敗は期待しませんし、より良い仕事を見ようという気持ちが働きます。よね？空振りなんて、「ご愛敬」ではありませんか。要は「ホームラン」「ファインプレー」が、見られれば、ＯＫでしょう？
　彼らの仕事にも、同じような目を持っていただきたいのです。いかがでしょうか？