ゴメンナサイ。。。さすがにこの写真では、厳しいです。。。(^_^;)

　あまりに局部すぎて、いまいち、不明点が多いような気がしますが？

　全体をもう少し見たいですね。
　
　業者の言う、「工法」？の意味している「なぜ？こういう納まりなのか」が、わかりません。
　悪いのか？良いのか？判断がつきません。ごめんなさい。

　写真を、よくよく見直し、わかりました。

　結論を先に言うと、「なんの問題も、心配もいりません。」

　なぜ、斜めなの？と、考えすぎわからなくなっていましたが、
「桁」「梁」・・・・であり、それがまっすぐと考えると(斜めに見えているだけ）
「小屋束」の上に乗っている「母屋」の先、軒天がつくであろう部分を、邪魔になる分を削り取ったものです。
　つまり、「つないでいる。」と見える部分は、「母屋の木口」です。

　通常に行う施工の範疇で間違いありません。