たにぐち　さまの意にはそぐわないと、思いますが、私も「こんなものです。」と、回答するでしょう。

　まず、「目地」ではなく、「コーキング」です。
目地であれば、当然のように、タイルにかかることはしません。色も既存の「目地」部分と同じ色になるでしょう。多少の差はあっても。

　コーキングの場合は、各部材にかけて(重ねて）施工することが一般的ですし、コーキング切れを防ぐ意味でも、そちらの方がよいと思います。
　色は、ある程度の自由度はありますが、「目地材」とは同じにはなりません。さらに、現場で練るタイプのものであれば、(現場では無理ですが）自由度もありますが、カートリッジ式のものであれば、色の自由度はありません。出来合い。というか、お仕着せですね。

　色、施工の詳細は、大規模改修工事の仕様書ですとか、設計図書によって、決められたことをしているはずですし、時々の打ち合わせ事項の中で、逐次決定されているはずです。そちらを確認してみてください。
　それらに沿った施工であれば、「この程度の仕事」という、評価が正当か否か？判断されるでしょう。

>よろしければ業者としてのご意見を伺えればと思います。

　本音を言わせていただければ、（大規模修繕・・という言葉から、「マンション」を想定しておりますが？良いでしょうか？）
　一棟の中に仮に10世帯20名の方がお住まいとして、
「Ａ」という仕上げをする。と、提案・提示しますよね？
それに対する「Ａ」に反対なら、「Ｂ？Ｃ？・・・・・」
「Ａ」には反対しないけど「Ａ’」「Ａ’’」・・・・・・
　ほっとおくと20種類の「考え方」「案」「希望」が存在し、それに交通整理が必要になります。 それが、数百になると、工事は始まりません。し、終われません。
　もちろん、連絡・調整を否定しませんが、それにかまけてもいられません。
ある意味、独断気味に(業者に限らず、責任を持ち、代表して窓口になっている方の）動かざるを得ない部分も存在します。
　たにぐち　様の「お気に召す」ことを優先するか？全体の意識をまとめるか？・・・・必ずしもですけどね。

　お気に召さない表現かもしれません。あくまで「本音」です。