兵庫県でどのような基準法の運用をされているか判りませんので、お答えが微妙に間違っているかもしれません。あらかじめ、ご承知おきください。

地下RC部分まで全て解体し、建て直すとなれば、これは普通の建築行為ですので、新しい建物が現在の基準法に合致していれば、全く問題ありません。

問題は一部残存させる場合ですが、結果から言いますと、地下のRC部分の「現在の基準に合致した耐震補強」は限りなく「非現実的」とお考え下さい。
理由は長くなりますので省略します。手続き上は可能なのですが、技術的にも予算的にも、住宅レベルでは難しいと思います。

だからと言って、リフォーム不可ではありません。つまり、確認申請行為さえ行わなくても良い建築行為（10?以下の増築など）であればリフォームは可能です。

細かな定義は、本一冊になりますので、お詳しい地元の設計事務所・工務店さんにお尋ね下さいね。。

親切なような、不親切なようなお答えで恐縮です。

＞スケルトンにしてリフォームすればよろしいでしょうか？

基本的にはそうなのですが、、、、(^。^;)

予断を与えてはマズイので、少ない情報でのコメントは控えます
（ご免なさい。。。不親切なつもりはありません。。。）

既存の状況、ご希望の間取りなどを、基準法に詳しい方にご相談なさって下さい。。