先ず質問内容を整理しますと、「床に気泡が固まったようなデコボコがある」。
これは床下に気泡のような凸凹あると解釈します。
「その気泡の出来た部分だけフローリングの張り替え」となると、仰せのようにその他の部分にも影響を与えるていることが伺えます。

文面を見ますと敷地内の雨水の捌け口にも課題がありそうです。
問題はそのことで床下の湿気が多いまま推移しますと、家全体に様々な事象が生じてきます。

居室の湿度が高いのも床下湿気が影響していることも想定されます。
床下に配置された土台や大引きなど木材の含水量は、乾燥材が15％程度ですが、これが20％以上に増加することが考えられます。
やがて腐朽菌が繁殖してしまいます。

単にフローリング取り換えの問題ではなく、重要な事象に発展することも考えられます。いずれにしても床下は常に乾燥状態で保持することが鉄則です。
対応策としては、敷地内の地下水面位（地盤面に穴を掘って地下水面の差）を下げ、特に床下の地下水面を下げることが必要です。
側溝や暗渠などの対策があります。
業者さんにしっかりと検証して戴くことをお勧めします。