【図面と違う基礎の対処法と話の進め方、及び工期延長による補償等について】

１５坪のビルトインガレージ3階建てを建築中です。間口の中央に玄関、両サイドに一部屋、ガレージを予定していました。
ベタ基礎が終わり土台ができ、上棟間近ということで現場を見に行ったところ、ガレージになるべきところに、なぜか仕切り（他の土台と同じ高さ）がありました。これでは、車が入れないと担当に連絡したところ「構造上、必要のない部分に基礎の出がございました。図面を誤って解釈し、施工してしまったよう」との回答が来ました。

これから、この部分を取り除く施工法などの話し合いを予定していますが、通常ですとどのような対処法が取られるのでしょうか？
こちらは素人なので、悪く言えば簡便な方法やローコストでの対処を取られるのではないかと心配しています。
説明を受けたり、対処法を決定するにあたり、ポイントなる事がありましたら教えて下さい。

また、当初の予定では、12月中旬に引渡し予定となっていますが、基礎の間違いにより既に工事がストップしており、年末年始をまたぐのではないかと危惧しております。工期が延びてほしくない反面、しっかりとした対処もしてほしいのですが、もし工期が延びる場合の補償等はあるのでしょうか？（つなぎ融資の利息分や1月になることによる住宅減税への影響等等）

以上、宜しくお願い致します。