細かな状況などが不明で、必ずしも・・・・ですが、

　「設計ミス」と目くじらを立てるほどのことでは無い？と感じます。

　一般住宅規模の工事に対しての「設計」といわれる物の「精度」は、ある程度、限られたものといっても良いでしょう。
「絵」である図面を、「形」にするワケですが、その中で「現場合わせ」の要素が、どうしても出てきます。し、必要です。

　今回のご相談の件も、
　防水の「性能」「信頼性」を考えると、その立ち上がり部分が、多くほしかった？
か、何かの原因で、想定より少なくなりすぎた。などだと、思います。
　裏を返すと、「設計ミス」と、声高に叫んで、それを拒否したとすると、
窓周辺の(特に下部の）漏水が心配されますね。
もう一方の窓？との整合性がとれず、美観が悪い。ということになるのでないでしょうか。

　あくまで、必ずしもですが、
業者とわいわいと雑談・・・から、頭をつきあわせて相談。いろいろと、やって、「絵である図面」を、より良い、「形のある家」に共同作業でやってほしいと思います。

設計図と異なる事が設計ミスとおっしゃるのであれば、間違いなく設計ミスですね。。。

ただ、我々が設計した場合でも、諸般の事情で、工事中に変更することはよくあります。。というか、私の設計した案件では、100％どこかしら変更しています。何故、変更するか・・・・。それは、「悪気はない」という消極的な理由ではなくより、むしろ「更に良くしたい」という積極的な理由からです。

＞悪気はないと思うので気にせずスルーしたほうが良い
現場で、多少の変更は可能です。受身では無く、積極的に家づくりに参加されてはいかがでしょうか？