問題の部分の写真がほしいですね。

　お話しを聞く(書き込みを読む）だけであれば、「ほぼ、問題ないでしょう。」と言うことになります。
　厳密な意味で言えば、「？」ですが、それが原因でどうかなる。ことは、ほぼ、間違いなく無い！と思われます。
　一応、写真を確認してみたいと思います。

柱　直下の土台部分でなければ、基本、問題は無いと思います。


＞かなり強力なボンドで補修

・・・・・・(^_^;)
多分、、エポキシ樹脂かなにかの事かと思いますが。。。


防腐剤注入材であれば、工場加工するとき、そんなに大きな欠損があれば、その時点ではじかれます。。。という事は、ヒノキなどの製材かな？と思いますが、防蟻、防腐には注意していただくよう、メーカーさんにお伝えください

2番目の写真はどの部位か不明ですが、この程度であれば、「耐震性」には影響ないと思います。
エポキシ樹脂などで補修して貰ってください。

　何ら心配にはおよびません。と言っておきます。
　
メーカーの見解の　真意はすべてわかるわけでは無いのですが、対応してくれるのならば、それで、心配の種はなくなるでしょう？

　二枚目の写真は、いまいち状況がつかめませんが、
斜めに見えている部材が、「その上にある角の割れて剥離したもの」と考えると、
　この部材を、もとの部分に戻し、（接着剤と、釘で？）固定するひつようはあります。
　その時点で、直行してきている部材（仕口は、大入れ？半掛け？）の下部に基礎で受けることが出来るように、パッキンを入れておくと、万全かもしれません。
　あくまで、私の状況推測が当たっていれば。です。
　
　もちろん　柱の下になる部分はパッキンが入っていなければいけません。

　どうしても、二枚目の状況が理解出来ないでいます。
ご説明をいただきましたが、ピンときません。
　申し訳ないのですが、角度、大きさを変えたもの、当該部位周辺を含めた写真など、再度のお手間をおかけしても、よろしいでしょうか？

　六枚目の写真の部材が、「土台(105*105）」＋「大引き(105*105）」であれば、下に基礎、土台パッキンが無いのは、問題あります、「束」立てすると、良いでしょう。
これが、「土台(105*105）」＋「根太(105*45など）」であれば、取り立てての問題は無いと思います。ご心配ならば、下面に105*45か105*30程度の材料を打ち付けてもらう(ご自分で打ち付ける）で、十分と判断します。

　四枚目指さしの部分は、根太の2枚合わせ、もしかしたら、パネル工法になっていて、パネルの継ぎ目？ではないでしょうか？
　であれば、問題は無いだろう。というのが、私の判断です。これも心配ならば、パッキンを入れてもらう(自分では止めた方が良いです。床に影響します）と、良いでしょう。
　ただ、表面の床が下がっている。という現象が見られるならば、即、パッキンを入れさせる必要があります。もちろん、ジャッキアップさせてからです。　

　新しい写真をいただいての「判断」ですが、あくまで現場の確認が優先ですので、現場の工務店などとの相談を、無視させることではありません。