単純に「張り替えていない上の段のコーキングと新しく張り替えた段のコーキングはきちんとひっつくのでしょうか？」
であれば、
　同時に打ったものでなければ、全く同一のものでは、当然ありません。
が、一般的な注意をはらった施工がされていれば、心配はありません。

　漠然と、心配？ならば、「問題無いでしょう。」と、言っておきます。