結論・・・を言うと、
「欠陥」です「手抜き」です。と、大きな声で主張するのは、「？」でしょうね。

　まず、土台と基礎の間・・・ここは、パッキンをして、わざと隙間を空ける。工法しょう。そうでない場合もありますが、見たところは、パッキン工法でしょう。

　土台水切りと、基礎との間・・・ここは、「コンクリート」ではありません。「モルタル」です。化粧？の一環です。ただ、今回の場合は、少し雑な仕事のようです。「ちょっと、雑みたいね？やり直してくれますよね？」で、良いのではないでしょうか？
　ご自分で、コーキングを購入してきて、やられても、良いのではないでしょうか？

　指摘外ですが、「土台水切り」の出隅の処理です。
ここは、最近はあまり見なくなった？出隅コーナー部材を使わずに、現場施工で「留」を作っているようです。これ自体が悪いわけではないのですが、施工の良否により、不必要な隙間ができたり、不可な部分が隙間になったりします。今回の件は、これも、疑って見てはいかがでしょう？
　下から見上げて（鏡で映して見ると、楽かも？）、隙間が大きければ、コーキングするとか、板金でふさぐとか？すればいいと思います。

　蛇足・・・・ですが、

　土台水切りの下面の隙間・・・・これを、言っている訳では無いですよね？
これを塞ぐことは、通気層に空気が行かなくなります。ご自分で、コーキング。という段になっても、それにはお気を付けくださいね。

>でも、隙間から蜂が巣を作っていたり白アリが入るのではないのかと心配です。自宅内洗面所周辺からムカデが１ヶ月２?３匹出てくるのですが、それも関係しているのでしょうか？

　無いとは言えませんが、それを考えていたら、「夜も寝られなくなりますよ。」
　たまたま、気にして見ていて、巣を作りそうなら、撤去する。くらいの気持ちが、無難だと思いますけど。
　シロアリは、床下の環境がしっかりと、乾燥状態であれば、入らないと思います。
　同じく、ムカデも,床下の環境次第ですね。隙間は二次的なことだと思いますよ。
　虫が大好きな環境になっていれば、隙間など有ってもなくても、虫は入ります。