水溜まりができている，また結露しているというのが，床下の冷えからきているのであるとすれば，工務店の対応は正解だと思いました。
というか，それ以外に対策が思い浮かびません。
文面からは，工務店のかなり誠実な対応が感じられます。
今後も気付いたことを伝えて，対策をお願いして行けば良いように思いますが。
防湿シートの下のカビはあまり気にしなくても良い様に思います。
それが室内に影響を及ぼす可能性は低いからです。
家作りは細かく気にすべき点がありますが，あまり気にしない方が良い点もあります。
防湿シートの下や地下の事は，今から気にしても仕方がないと思います。
躯体本体は，床裏で断熱しているのでしょうかね。
そうであれば，特にそう言えます。

十分な換気が結露の原因となるかという問題に付いては，現実にはなかなか一概には論評できない難しい問題を含んでいます。
それは，床下の温度，外気の温度，湿度などの要素が絡み合っており，状況によって結果は異なってくるからです。
外気が，湿度はそこそこあるものの，温度が高めであれば，十分な換気によって，地下を暖めることができ，その結果として結露を防ぐことも可能な状況もあります。
むしろ，従来型の日本家屋はこの考え方に基づいて，床下は十分な換気を行うという設計になっていました。
それで，これは東北で実際にあったケースですが，やはり基礎パッキン工法で，現実に床下に結露が発生してしまった物件に付いて，基礎パッキンに加えて，基礎換気口を十分に開口して，風通しを良くして対策を取ったという事例もあります。
この場合は，基礎パッキンによる換気では十分ではなかったという事例です。
ただ，北海道の場合，この手法が通用するかどうか，私には分かりませんでしたので，先には対策としては敢えて述べませんでした。
先のコメントで，パイプと換気扇による強制換気で，その部分は乾いていたという状況を鑑みると，もしかすると，さらに換気を改善することによって，基礎を乾かすことも可能かもしれません。
具体的には，基礎換気口を追加で開けて，そこに，床下換気扇を設置するなどの手法が考えられます。
ただ，基礎の強度の低下の問題や，結露に対する効果に付いては，敢えてやるだけの価値があるかどうかは良く分かりません。
それで，工務店が取られた，気密シートの追加とスタイロフォームによる断熱はとても良い方法だと思いました。
気密テープの心配をされているようですが，仮にその隙間から湿気が上がったとしても，基礎パッキンによる換気で十分に排除できることが期待できますので，ご心配は無用だと思います。
むしろ，建物本体の気密や断熱はどうなっているでしょうか。
北海道ですから，躯体本体で気密が取れており，断熱もされているのであれば，屋内のカビの心配に付いては，むしろ住まい方の方に気を配ることをお勧めしたいと思いました。
まずは，屋内に幾つかの正確な湿度計を設置されることをお勧めします。
そして，屋内の相対湿度が常時，40パーセントから60パーセントを維持するように工夫されると良いでしょう。
理想は45パーセントから50パーセントです。
これを行う為には，夏季は，温暖地では熱リサイクル方式のエアコンが必須アイテムとなります。
北海道の場合，夏季の湿度が低ければ，風通し良く暮らすだけで十分かもしれません。
これは外気の状況によります。
冬季は，加湿が必要になるかもしれませんが，体が慣れると，多少の過乾燥はむしろ，ダニ，カビの発生を防いでくれるので，具合がいいようです。
これは，住まい手の感じ方や慣れにもよります。
ともかく，高断熱高気密住宅で屋内の湿度管理を徹底されますと，カビ，ダニの被害から開放されます。
この場合，恐らく，お宅は内断熱工法だと思いますので，そうであれば，床下の状況はほとんど気にされなくても良いと思います。
それは，躯体本体の気密によって，床下空間と屋内空間の状況は隔絶されているからです。
基礎断熱の家の場合は状況はまた異なりますが，この場合は基礎パッキンは使いませんので，このたびは関係が無いと判断しました。

ご質問の趣旨からはずれるかもしれませんし，また蛇足になると思いますが，屋内の湿度が，80パーセントから90パーセントというのは，少し驚きました。
正直に申し上げまして，これはシックハウスになる恐れがあります。
その空間はダニ，カビの温床となるからです。
窓を開けると，60パーセントということであれば，夏季は常時，窓を開けて風通しよくされるのも一つの方法だと思います。
もしかすると，換気システムは全熱交換型を採用されているようでしょうかね。
そうであれば，また，窓を閉めてお暮らしになるのであれば，先にも述べましたが，熱リサイクル方式のエアコンは必須アイテムになります。
普通の一般的なエアコンではダメです。
具体的なメーカー名は書けませんが，近年はどのメーカーからも市販されていますので，電気屋さんにこの点を良く確認して，使い方も教わって，屋内の湿度管理に留意されると良いと思います。
売り文句は，寒くならず，湿度が下がるといったような物でして，特に梅雨時期には重宝します。
北海道は梅雨はなかったでしたっけ。
家で洗濯物を乾かす為のランドリーモードというのもありまして，これは結構便利です。
ともかく，夏季の室内空間の理想は，温度は28℃，相対湿度は50パーセントです。
拙宅ではこのように管理して，長年，蒸し暑い新潟の夏の気候を快適に暮らしておりますので，参考になればと思いました。
あと，全熱交換の換気システムはフィルターのメンテナンスはできるだけマメにやって下さいね。
ここにカビが生えると，完全なシックハウスになりますので。
そして，そういう家が結構あるのです。
老婆心ながら，申し添えさせて頂きました。

湿度が80パーセントから90パーセントと言うことで，てっきり，全熱交換タイプをお使いかと思いました。
はやとちりで大変失礼致しました。
第三種換気で，湿度が高いと言うのは，普通はあまり考えにくいのですが，可能性としては幾つか考えられます。
一つは，換気量に対して，屋内で発生する湿気が多過ぎると言うケースです。
もしかして，屋内に，いつもたくさんの洗濯物を干しているとか，観葉植物が多量にあるとか，風呂場の常時換気がなされておらず，しかも，湯船に水を張ったままで，風呂のフタを開けているとか，何か，多量の湿気を発生させる要因があるでしょうか。
もしも，思い当たる節があれば，まずは，できるだけ屋内では湿気を発生させない暮らし方の工夫が必要になるかもしれません。
仮に，そのようなことで無ければ，二つ目のケースとして，換気システムが計算通り機能しているかどうかを疑う必要があるかもしれません。
各部屋に自然吸気口があるということですが，そこから，必要量の新鮮空気が確実に入っているでしょうかね。
計画換気は家ごとに設計しますので，一概には言えませんが，大体、一つの吸気口から，１時間あたり，20立米から30立米の空気が入っていることが求められます。
これを確かめるには，もちろん風量測定器はお持ちでないと思いますので，次の方法でおよその状態を知ることができます。
まず，風の無い日で，できるだけ屋内外の温度差の少ない日を選びまして，窓を全て閉め切っておいて，換気システムは通常通り回しておきます。
この状態で，各吸気口にビニール袋をかぶせて，その袋が膨らむかどうかを確かめます。
ここで，1時間あたり，20立米ということで計算しますと，これは1秒あたり，約5.5リットルということになります。
つまり，20リットルの容量のビニール袋を吸気口にあてると，約４秒で満タンになる計算です。
それで，そうなるかどうかやってみて頂けますか。
実は，現実には，これがなかなか計算通りにならないケースが結構ありまして，このあたりが，第三種換気システムの限界と言えるかもしれません。
これも，考え方によりますが，特に，他に問題を感じないようであれば，現実にはあまり気にしなくても良いかもしれません。
吸気口からは空気が入っていなくても，家のどこかの隙間から入っておれば，それで良いという考え方もあるわけです。
ただ，この場合，部屋ごとの換気量のバラツキは出てしまいます。
もしも，この点を改善したいということであれば，吸気ファンというのが市販されていますので，自然吸気口に変えて取り付けると確実に新鮮空気が入ってくるようになります。
吸気ファンは各メーカーから市販されており，電気代は微々たるものですので，工務店に相談なさってみて下さい。
お宅を手がけた工務店はなかなか意欲的な業者の様に感じましたので，この点をお話しすると，理解を示してくれると思います。
このようにして，換気を改善すると，北海道の場合は，かなり屋内の湿気は改善されるのではないかと推察されます。
新潟の様に，高温多湿の地域ですと，換気がかえって湿気を呼び込むことになるのですが，窓を開けておくと，湿度が60パーセント程度というご説明を読んで，その様に考えました。
あと，換気量のバラツキに目をつぶるのであれば，吸気ファンの取り付けは特にしないで，先にご提案させて頂きました，熱リサイクルエアコンを運用することによって，湿度管理は可能になります。
大体，一階に一台，二階に一台程度，この種のエアコンを設置しますと，家全体の湿度管理が可能になるでしょう。
この種のエアコンの除湿能力はとても大きく，普通の除湿器の8台分程度の能力がありますので，効果が期待できます。
高断熱高気密住宅で快適に暮らす為には，昔の家では必要なかった，色々な工夫が求められますが，これをうまくやると，とても健康的な家になりますので，是非取り組んでみて下さい。
あと，吸気ファンは冬季はコールドドラフトの原因になる場合がありますので，気になるようでしたら冬季は停めても良いと思います。
吸気ファンも，正面吹き出しではなく，メーカーによっては側から吹き出すタイプの物がありましてこれはコールドドラフトの影響が少なくなります。
これも工務店に相談されると良いでしょう。