大阪ですと，地価が尋常ではないので，わずか３センチメートルと言っても，侵入されるのが面白くないという，気持ちは分からないではありません。
まず，境界杭を相手側の業者が勝手に抜いたのが事実であれば，それは犯罪行為になります。
実際にそういう行為があったのかどうかなどの，証拠云々の問題はありますが，まずは警察に訴えることも可能です。
その行為は刑法で処罰されます。
次にできることとして，土地の権利を証明する公簿を取り寄せて，本来の境界がどこになるかを確定する必要があるかもしれません。
土地家屋調査士などの協力も必要になるでしょう。
この場合，まず何を基準にするかが問題になりますし，現実に，縄伸び，縄縮みといいまして，現実の土地が公簿通りになっていないケースが，昔は随分ありました。
お住まいの地域の区画整理がいつ頃になされたのかは分かりませんが，大阪は結構アバウトな所も実際にありました。
それで，場合によっては，今の土地よりも，さらに削らなければならないという自体も無きにしもあらずです。
ともかく，公簿に基づいて，一度，近隣の了解も得て，土地の境界の権利関係をはっきりさせておくと，後々，土地の売買の際には随分助かります。
とまあ，きっちりやるならこんな流れになると思いますが，私なら，数センチのことなら，そのままにしてしまうかなと思います。
私は星が好きでして，望遠鏡でアンドロメダ大星雲などを見ていますと，地上のわずかなことはどうでも良くなってきます。
もっとも，これは人それぞれですので，質問者様がきっちりされるのなら，それはそれで良いことだと思いますし，お話の通りなら，筋は通っていると思います。