騒音の真の原因がリフォームのせいかどうかは分かりませんが,最終手段としては,騒音問題に関しては以下の方法が取れると思います。
まず,騒音を測定する業者に,あなたのお宅で,何デシベルの騒音が聞こえているかを数日に渡って測定,記録してもらいます。
つまり,どの程度うるさいのかを科学的に数値として測定し,証拠を残します。
次に,その証拠を基に訴訟を起こします。
マンション騒音に関する訴訟は既に起きていまして，その際の判例としては,「午後9時から午前7時までは40dB、午前7時から午後9時までは53dBに達する音を出してはならない。」とされています。
つまり,これを超える騒音である証拠があれば,勝訴することができ,騒音調査費を含め慰謝料を受け取ることができます。
また改善命令を取り付けることもできるでしょう。
もっとも,そこに至るまでの間で,話し合いや,示談で解決すればいいですね。

まずありかどうかということですが，騒音問題は別としまして，マンションの無垢材のリフォームはかなり住み手には評判が良い様です。
現実に，そうすることで，古い物件をリフォームして資産価値を高めて，再売り出しを図る公営住宅もあります。
それで，クリアさんは，無垢材が騒音の原因と確信されているようですが，それが実際にそうなのかどうかが不明です。
例えば，上の住人は以前から住んでおられ，このたび，リフォームしてから騒音の問題が発生したのでしょうか。
そうであれば，リフォームに原因があり，また無垢材の使用にも原因がある可能性はあります。
また，この場合でも，無垢材の使用というよりは，その施工の仕方，例えば，躯体に届く釘や留め具を使用しているなどの問題があるかもしれません。
一方，最近その方が越して来られたのであって，それからリフォームして住み始めたのであるなら，それは，その方の住まい方の方に原因がある可能性があります。
仮に，住まい方に問題があるとすれば，リフォームを元のあるべき状態に戻したとしても，恐らく問題の解決にはならないでしょう。
さらに以前に別の方が住んでおられ，その方が静かな方で，そのお蔭で静かな状態が保たれていたのであるなら，そもそも，マンションの基本構造が騒音対策としては十分でなかった可能性も全く無かったとは言い切れません。
つまり，お話の内容から色々な可能性を考えてみましたが，現状では無垢材が騒音の真の原因なのかどうか疑問が残りました。
いずれにせよ，騒音が受忍できる範囲かどうかを，まずは科学的に，騒音測定専門業者に委託して測定記録してもらうのが無難かと思いました。
お話によりますと，受忍限度を超えているのは間違いないと思われますが，万一，そうでなければ，あなたの方が我慢しなければならない問題として扱われてしまう可能性もゼロではありません。
それで，先に書きました判例を基に，騒音デシベル値を提出して，冷静に科学的に客観的にお話を勧めて行けば，話し合いの際にも，相手に対する説得力は増すと思います。