縦筋上部のフック（逆Uの字になった部分）を切断したのですね。
縦筋のフックに関して、旧公庫仕様ですと、「フックあり」となっていますが、その他の各種仕様では、定められていないのもあります。
よって、「現実的な構造耐力」上は、さほど影響ないかな？と個人的には思います。

また、構造計算を行う実務上も、縦筋は、さほど影響力はありません。

私が監理者であれば、まず、3cmくらい残った鉄筋を、撤去させます。
（役たたずであれば、残しておいて百害あって一利なしです）

あとは、特に何もしないと思います。。

ご心配であれば、結束線で再度、巻いて貰う程度で宜しいかと。

理由は割愛しますが、主筋位置は下げないでくださいね。

残存鉄筋、、点溶接しているのでしょうか？
そうであれば、無理に取らずにそのままにしておいてください。。