補修というのはあくまでも「次善の策」ですから、「正解」は無いのですが、、、

ケミカルアンカーについて、実は、確認申請（構造計算）上は、オフィシャルな物としては認められておりません。
これについて、その理由や実際の耐力がどうとか、私が論じても仕方ない事ですので、まずは、そうのような事実があります。。。という事を、ご認識ください。

それを踏まえると、むしろ、立ち上がり横面をハツリ取って対応するというのは、ある意味「合理的」ではあります。

私が監理者であれば、基礎内鉄筋に、アンカーボルトを軽く溶接して対応すると思います。

「耐久性」という観点からは、基礎室内側の側面からの補修であれば、大きな問題は無いように考えます。

写真が見えない状況ですので、文言のみから、推測してお答えしています。

アンカーボルトの主な役割は、上に引き抜かれるのを防ぐ、、、のではなく、横にずれるのを防ぐ、、にあります。
（専門家の方でも誤解が多いようです）

つまり、地震が起きたとき、イメージとしては、達磨落としのようにズレない事です。。

実際に安全かどうかは、拝見した図面だけでは判断できませんが、経験則から言えば、通常の2階建て住宅レベルであれば、充分に余力があります。

例えは不適切かもしれませんが、311の被害を見ても、上家が跡形もなく横からの力（津波）で流されても、アンカーボルトが、引き抜かれて、基礎が破壊しているのは、見ていません。。

また、基礎の耐力も、主筋（一番上と一番下の横筋）さえ、ちゃんとしていれば、少々の事では、問題ないと思います。

ボルトを点溶接しておけば、安心だと思いますよ。無限大の強さの地震があったと仮定するとアンカーや基礎が壊れる前に、上家が壊れます。。