外装材に詳しいわけではありませんが、木材の乾燥でこのようになることはないとい思います。
また、施工ミスにしてもこんなに連続して起こることも考えられません。

今はあり得ませんが、以前、カラートタンの端部でこのような現象がありましたので、製造過程での不具合が原因ではないかと想われます。
ご使用の外装材メーカーとは別のメーカーに問い合わせることをお勧めします。

写真で見る限り、の話として。

まず、多かれ少なかれこのような状況に至ることはありえます。ある程度は不可抗力で出る部分ではあると思います。
「窒業系外壁材はセメントを主原料とした硬く脆い材料ですので施工時等にこのような欠けを防ぐことは困難です」という業者さん側の回答も、ある程度、間違いは無いと思われます。
しかし、(あくまで写真からの判断ですが）少し多すぎる感はあります。要は施工中の小さな配慮が行われていれば、無いはずの事です。私の正直な感想を言えば、少し「やんちゃ」な施工に見えます。
　施工者の方で通常の配慮をしたにもかかわらず剥離したと言うのであれば、メーカーに(施工者を通して）対処の相談ができるでしょう。「日に日に増えています」と言うことであれば、施工者の不注意よりも、板材の方に多めに問題がある可能性も否定しません。

ただし私の経験からですが、どちらの問題だとしても、全面張替えなどの大々的な修繕要求は無理ではないかと思います。たしかに「補修塗料によるパテ埋めとタッチアップで補修を行うことで、外壁材の機能は十分に持続できます」という対処方法は、けっして間違いでは無いと思われるからです。
たとえばですがパテ埋め、及び大きめの面積での塗装を、施工者に要求してみる。ということではいかがでしょうか？
あるいは、目立つ面だけの塗装でも良いかもしれません。(タッチアップでは、目立つと思います。）
施工者の方とよく相談されることをおすすめします。