色々とお悩みの様ですね。
今が一番楽しい時期かもしれません。
天窓は屋根断熱が基本となりますが，天井断熱との融合もできないわけではありません。
一つの方法としては，天窓の部分は屋根断熱の傾斜天井とし，天窓よりも上は平天井にして，そこは天井断熱にすることができます。
あるいは，全て平天井にする場合は，天窓と同じ大きさの箱型の筒を用意して，その筒を断熱して天井と天窓をつなぐという方法があります。
この場合，断熱気密施工は多少面倒な作業が必要になります。
開閉式とはめ殺しに付いては，前者は煙突効果による換気効果が期待できます。
ただ，高い位置にある場合は電動開閉式でないと，実用上はかなり大変になります。
この場合の天窓はかなり高価です。
そして，新潟の場合ですが，現実に，拙宅には天窓がありますが，これを開放して利用できる期間はごく短い期間しかありません。
というのは，暖房と冷房がバトンタッチで必要になる地域だからです。
岐阜県の気候は地域によると思いますが，この点はいかがでしょうかね。
初夏や秋の時期が長く続く地域であれば，利用価値は高いとは思いますが。
あと，天窓は日当たりの良い向きに取り付けますと，夏は日射取得で大変なことになります。
基本は採光のみと考えて，北側に設置するのが正解です。
一番お勧めしたいのは，天窓に投資するよりも，屋根は片流れにして，すべて日当たりの良い方向に向けて，そこに太陽光発電装置を設置することです。
屋根全面で発電しますと，かなりの売電も見込めますので，初期投資を十数年で回収して，その後は売電でかなり利益を得ることも可能です。
ドイツのパッシブハウスではこの種の家が林立する光景を見ることがあります。

ＥＮＤさん

光ダクトと言うものがあります。

http://www.materialhouse.jp/data02.html

セルロースファイバーは中々面白い断熱材ですね。（断熱＋湿度調整の機能もあり）

その中をダクトを通すことは、可能でしょう。
ただ、トップライトにしても、光ダクトにしても断熱性能が一部落ちます。
よって、窓ガラスと同様に、結露の恐れが高くなります。
その辺を考慮して設計士と相談して使う必要があります。