入居約定書の記載内容が解らないので断言は出来ませんが敷金返還は、退去時に入居時の状態にすることが基本になっていると思います。
畳のカビが、質問者が入居中に水を零したりして汚したのが要因であれば、費用負担も止むを得ないのでしょう。

本件の住宅が一階であり、畳が臭気を放つほどひどい状態の場合は、床下環境が劣悪になっている場合もあります。このようなことが要因の場合は、家主さんの管理上の課題であり、必ずしも入居者責任も問われないケースもあります。
風呂場のタイルについても構造的な欠陥が要因なのかどうかは、この質問書で判断することが出来ません。

いずれにせよタイル破損とカビが構造的問題なのか、入居中に与えた衝撃が要因なのかによって敷金返還額が異なってきそうです。
関係者と充分に協議して妥協点を見出すべきでしょう。