耐力壁用合板の釘に関しては、構造計算する前提として、それぞれの持つ耐力を確定させる必要があるため、実験データーから導き出した釘のピッチ（間隔）や、止め付けの方法が定められています。また、釘頭が板にめり込んだ状態だと、耐力が落ちる事も知られてはいます。一度抜いた釘穴に再度、打ち込んだ場合、どの程度耐力低減されるかのデーターは承知していませんが、あなた様のおっしゃる通り、相当程度、落ちるであろう事は、容易に想像できます。

ですから、その基準に則すると、それはメーカーさんのおっしゃる通りの事でしかありません。

さて、さりとて、現実の現場として考えた場合、それを唯一の原因として、建て替えや、構造部材の取り換えを要求するのは、第三者から見ても、過剰要求と思いますし、仮に法的な手続きになったとしても、「過剰」と判断されるのではないでしょうか？悪戯に労力と時間を費やすだけとなってしまいます。

仮に、落ちる耐力を、２０％（これもあまり根拠はありませんが、、、）と仮置きし、その上で、「建物全体」の耐力壁計算をして貰う。その上で、不足分は、筋交いで補強して貰う、あるいは新たな耐力壁を追加して貰う、、などの処置ではいかがでしょうか？

そもそものあなた様のお宅の「全体の構造計算」が余力「０「という事は考えにくいですし、個別の耐力壁の耐力を定めた規定でも、「余力」は見込んでいます。

あなた様の「不信感」「不安感」と、現実的に大丈夫かどうかに関しては、多分、相当な差があります。実際は、クラビアさんのおっしゃる通り、大丈夫とは、私も思いますが、

実際は大丈夫であろう事は理解できる。ただ、その上で経緯上、不安であるから、貼り直しに加えて、若干の補強をしてもらいたい。。。。

という、あたりが、落としどころとしては適当ではないでしょうか？