単に構造的なお話をすれば、実質は大きな問題は無いと思います。
極端な言い方ですが、「地震さえ無ければ」土台は無くとも大丈夫です。
直接、柱と基礎を緊結しにくいので、土台とアンカーボルトがあると思って頂いても構いません。

＞木造なので、このくらいは許容範囲内

これも、乱暴な言い方ですが、土台がはみ出ている→土台が曲がっている、、、というより、基礎の立ち上がりの誤差かもしれませんね。

あまり心配なさらず、かといって、不安はそのままにせず、工務店さんとコミュニュケーションを取ってください

尚、
＞土台を支えるために、添え基礎などの補修
は、構造的にはほとんど意味がありませんし、意匠的には百害あって・・という事になりかねませんので、止めた方が無難と思います

工務店さんの立場としては、あなた様に「安心」「信頼」して頂くための対応と思います。

「力学的に安全」のお話と「心情的に不安」のお話は、全く別ですので、あなた様も工務店さんも、納得できるのであれば、それは何であれ「やった方がいい」と思います。
ある意味、とても誠意的な工務店さんとお見受けします。
良く、ご相談なさってください。