例によって、図面を見ないと？
という制限付きですが、
　外に出す配管は、賛同できませんが、実は、配管の「横走り」も、賛同できません。
　エルボー（90°）配管にする、横引きが長い・・・・になると、「最悪」です。
「見てくれ」は無視しても良いのであれば、直接下へ。あるいは、４５°を使用して、あまり無理のない流れを、造るべきと考えます。
　最悪は、外に出す経路でも、外壁を配管の外へふかしてでも、スムーズな配管をした方がよいのではないでしょうか？
　外壁に出した配管を、「囲う」という付け焼き刃ではなく、というのが、理想ですが。
　図面が無いので、具体的な話が出来ないのが、もどかしいのですが、
断熱施工は、確実に、でも、横引き配管も、避ける。ということを「ご配慮」ください。
　

>断熱材というとロックウール/グラスウールなどを想像してしまいますが正しいでしょうか？専用（パイプ用）の断熱材/遮音材があるのでしょうか？

その通りです。
なお、管の太さに合わせて専用の保温等があります。
工事中であれば、配管業者に言えば、あるはずです。
普段よく出るサイズは、必ず在庫しているはずです。
ホームセンターにも、以外とおいてある場合が多いです。

保温等>>>>保温筒　が正解です。間違えました。すみません。

＞ちなみに、”ゴムを巻きつける”と言うのは効果があるのでしょうか？

　どういう意味での「ゴム」なのかが、わからないのですが、
よく聞く、「防振ゴム」とか「防音ゴム」という意味合いは、この場合は無いと思いますが？
　業者の方からの提案ですか？
使う部位、使い方に何かノウハウがあって、言っているのなら、意味はあるのかもしれません。
　ただ、私は意味付けがわかりません。

　それと、蛇足になりますが、
そもそも、台所の上の部分とか、排水のパイピングに苦労するようなところに
トイレをプランニングすることに、「？」を感じます。
　間取りのプランニングの時点で、上下の関連性を多かれ少なかれは、
配慮すべきだったのでは？
　もう、遅いかもしれませんが？

＞配管が室内を通ることで結露などは発生しないのでしょうか？
一応エコポイント対象住宅なので断熱等に関してはそこそこだとは思います。

　トイレの排水でしたら、スノードレンの排水とかとは、違うので
　しっかりと保温筒を巻いていれば、とりあえずは、大丈夫と考えますが、
もちろん、リスクがあることは、否定できません。
　当初の回答のように、横引きがあるとか、スムーズな流れになっていないなど、の場合、リスクはさらに増します。
それもあり、横引きは同意できません。ということなのです。

＞また、こういった場合（天井裏配管）はどこまで処理するのが”普通”なのでしょうか

　具体的には、現場の状況、納めがわからないので、何ともいえません。
施工する方とよく相談して行うこと。としか、言えません。

＞遮音ゴムと保温筒でどちらが一般的なのか？がわかりません。

　きっと、双方は、別の意味のものでは、ありませんか？
どちらか？ではなく、両方がいいのでは？
　保温筒は、必須ですし、遮音ゴムも、必要と判断されているのでしょう。

　プランの話は、私の蛇足です。
　すでに施工中であれば、それを何が何でも、というほどの大問題でもないと思いますし、
ただ、「施工者として、クレームがでないように、考えて、施工してください」
と、伝えてください。というくらいでしょうか？