細かな状況が不明ですので、推察ではありますが、それは正しい施工法と思います。

防水シートに伝ってきた雨水が、水切りの裏側に回らないよう、水切りにかぶせて施工するのが正しいやり方です。よって、必然的に、隙間（通気の吸気口）からシートが見えます。

たまに間違って施工する大工さんや工務店さんがいらっしゃいますが、正しい施工をされていると想像します。

意識して覗きこまなければ、見えないかと思いますので、ご理解ください。

玄関ポーチから見上げられる位置にあるオーバーハングの水切り隙間が15mmですか。通常では、そのままで仕上がるとは想定しにくい寸法です。
外部通気層は、断熱材の湿気を蒸発させる役割と外壁から入った雨水を除去するなどの役目を果たします。

しかし、15mmもあると強風が吹いた際に、オーバーハングの下部から風に吹き上げて防水シートを傷めるなどの事象も想定されます。
化粧スリットなどで保護する方法もあるので施工者には対応を要すべきでしょう。

外壁の通気工法で玄関部付近にオバーハングがあり下から水切りと外壁通気のスリット部より、防風シートが見えているとのことですね？
基本的には正しいと思われますが、水切り金物と防風シートがどのようにｼﾞｮｲﾝﾄされていますか？ﾌﾞﾁﾙﾃｰﾌﾟ（気密ﾃｰﾌﾟ）の両面ﾃｰﾌﾟで各々を止めてあれば上記のようにすぐ防風シートが見えてくると思われます。また両面ﾃｰﾌﾟではなく、水切りを通常は上部に立ち上げるでしょうから、その上に防風シートを被せﾃｰﾌﾟで止めているのであれば、ﾃｰﾌﾟで貼った部分が見えてくると思います。止めていない様であればむしろﾃｰﾌﾟ処理をしてもらうことをお勧めします。基本的な工法の考えは推測ですが間違っていないと思います。

写真・図面がないので、以下のような手当かと思います。

写真１のようでしたら、カッターナイフなどでカットしてもらいましょう。
写真2のようでしたら、福地様の指摘通り化粧スリッドの取り付けなどを要請しましょう。
どちらにしても、シートの加担が両面テープなどで接着してなければ、コーキングボンドなどで止めてもらってください。