石畳は自然素材であり、元通りに戻すことはとても難しいかも知れません。
しかしながら施工業者は、間違えてあけた穴を埋めると言うことですので、石を限りなく自然な形で並べ直すことを期待したいものです。

こだわりを持って新築住宅のカーポートに石畳を敷き込まれたのでしょう。
それを傷められたことに深く同情致します。
それでも人の行う事に間違いはあるものです。
施工業者が、何処まで復元できるか未知数ですが、丁寧に行う事でデザイン的には不自然な状態にならなくなる場合もあります。

全面張り替えは、いささか強気過ぎる要請ともとられるかも知れません。
それでも施主（質問者）は、その位の心情である事を伝えながら、施工業者の誠意を信頼することの方が賢明かと思慮されます。