写真からの推測ですが、木造の床下断熱の建物と考えますと、あまり問題は無いかと思われます。ただし、床下断熱工法の場合ですと基礎下は屋外的な考えですが、床下は本来ドライに保ちたいのであまり水が浸入しないほうが良いです。一度床下を点検し、水がたまっていない等を確認されたほうが良いかと思います。
どうしても気になる場合はモルタルや発泡ウレタン等で埋めるのも良いかも知れません。