鉄骨で「きしむ音」というのは、何でしょね？
これだけのお話では、「欠陥」か「欠陥で無い」かの判断は、当然できません。

＞いいくるめられてしまうのではないかと思い相談しました。

ご不安なのは、よく判りますが、建築業界に居る者が、すべて「悪者」ではありません。そんな「先入観念」が、言葉の端端に現れて、実際は何という事も無いお話が、むしろ、硬直化してしまう。。。

こちらに寄せられるご相談はそんなケースが多いように思います。

そもそもは、あなた様が信頼された設計士さんであり、工務店さんです。（信頼しない前提での契約はあり得ませんよね）

まずは、先入観や前提条件なしに、双方、胸襟を開き、ある意味「事務的」にお話合いされる事をお勧めします。