工事期間中に雨が降ってしまい、きっと合板が塗れてしまったのでしょう。
突きつけで合板を収めておりますので、膨張によって合板どおしが押されめくれたのだと思います。
現在の状況ですが、合板下に断熱材は施工されているのでしょうか？貼られているようでしたら、１枚めくってもらい湿気がこもっていないか施工業者さんと共に確認され、湿気がこもっているようでしたら数日、剥がして湿気を抜いてもらいましょう。
合板の剥離ですが施主からすると気になりますよね、合板ですが28?あるので表面の剥離ではあまり構造には影響は出ないと思いますが、合板が膨張することによって、ｼﾞｮｲﾝﾄ部が多少膨れて、フローリングを張った時に目立つ場合があるので、現段階で膨れているようでしたら膨れている部分を他の部分と同じ程度にプレーナー（ヤスリ）をかけていただくなどされるとよいでしょう。
合板の中心部からの剥離ですとさすがに、構造体としての強度の影響もありますからひどい部分については貼り直しをしてもらうとよいでしょう。
※建物の建設にあたり、現場を管理しる現場監督と設計図書通りに工事が行われているかを確認する工事監理者（確認申請に記載されています）からも意見を聞いていずれにしても納得をされ先に進むのが良いでしょう、せっかくの家ですから疑問は何でも建設に携わっているプロに聞いて不安を取り除き良い家をお作りください。