本件は、この質問文章と写真だけで鉄錆のように見える汚れ要因の特定が困難です。
少なくともラベンダーが枯れたこととは関係ないように思われます。
また下から覗いたときに見えるベニヤ板下地なども変色要因ではないと思考されます。
水切りは正常についており、雨水の跳ね返りを要因とするのは汚れ方を見ると無理があります。

過去には、モルタル下地に使用した鋼製ラスの一部が露出して酸化してしまったことがありました。
強度的な問題はないようですが、施工業者さんにしっかり調査して戴いて然るべき対応を要請すべきでしょう。