いわゆる、「新築住宅」の住宅瑕疵担保履行法に基づく保険には、「地盤」に関しては義務として含まれておりません。
（イメージは自動車の強制保険）

但し、保険会社によっては、あるいは、その保険商品によっては、「地盤も一体として対応している場合」あるいは、オプションとし「地盤」のみを対応している場合など、、様々です。
（イメージは車の任意保険、あるいは生命保険の任意特約部分）
原則、ほとんどのケースで「地盤保証」まで、包括しているはずですが・・・。

窓の改修によって保険対象から外されるかどうかより、そもそもの保険がどのようなものだったのか？売主さんに確認するか、保険証書を確認するか、保険取次店に連絡するかしてお確かめください。