打設の際の作業効率を高めるために、コンクリートを柔らかく処方する場合があります。
コンクリートの柔らかさのことを「スランプ」と言う言葉で表現します。
コンクリートの水を単に多くすると柔らかくなりますが、コンクリート強度が低下します。
コンクリートを柔らかくするためには、セメント、砂などの他に流動添加剤などで微妙に調整致します。本件がどのような対応策をとったかは、本文で推察することが困難です。

一定の時間をおいてからコンクリート養生のために水張りを行うことは不自然ではありません。
また打継のために時間差が出来ても強度的に大きな影響が出るとはないと推察されます。
写真の凹みがどのような経緯で出来たのかは、この部分だけで断言することが出来ません。

本件で重要なのは、ベタ基礎が主要構造物であることです。
主要構造物の施工時や施工計画などに問題があって、出来た家に影響を与えた場合は、瑕疵担保責任履行法の適用を受けます。当該コンクリートが要因で亀裂などの問題が発生した場合、業者側にその責任を負わせることが法律的に出来るようになっております。

本件の状況を本件質問書のように写真や文章などでリポートしておくべきです。
その過程を現場担当者とも遣り取りを行っておくと良いでしょう。
したがって、業者側もの手抜き的施工のリスクを冒すことは極めて少ないのが現状です。