いくつか判然としない事があります。

まず、あなた様のお立場は？
それと、
「病院からの指示」はどういった指示系統で工務店側まで伝達されたのでしょうか？
また、工務店側は、その仮に過失としましょうか、、連絡漏れなどを、認めているのでしょうか？

申し訳ありませんが、工事の内容や、周辺事情は、さておき、大事な部分が不明です。

ケアマネさんかな？とは思いましたが、念のため、お立場、確認いたしました。失礼いたしました。
ケアマネさんで、あれば、客観的、冷静にご理解頂けると思いますので、いつもとは、違ったスタンスでお答えします。

結果から申し上げれば、元工事の工務店さんに、やり直しをして頂くのが、賢明と思いますし、そうアドバイスされるのが宜しいのかな？と思います

失礼ながら、金額も小さいですし、その過失に関して、合理的根拠のある返金分を算定するのは不可能です。また、仮に、何かの根拠をつけて算定したとしても、果たして素直にし応じて頂けるのか？返金して頂くのは、定まった手続きなど無く、あくまでも第一段階は話し合いになるかと思いますが、不調に終わった時に果たして、法的な事まで視野に入っているのか？いえいえ、、そこまでは、、、(・・;)、、とおっしゃるなら、結果は、「苦労多くして」「とりっぱぐれ」で、現場はそのまま、、、直そうと、別工務店に依頼すると、その費用もかかる。。。

「感情的な部分」を抜きにして冷静に考えると、何も、いいことはありません。

すでに工務店さんが過失であったと認めているなら、当然、補修は無償ででしょうし、「頼んでもいない物」が付いていても、それを撤去する事も無いと思います。

そのあたりの「損得勘定」を冷静にアドバイスして差し上げ、今度こそ間違いの無いように気を配るのが、ケアマネさんのお役目と推察しますが、、、如何でしょうか？差し出がましくて申し訳ありません。
工事内訳書も拝見せず、ましてや匿名の方に、「無責任な立場」の我々が、「金額」まで申し上げる事は無謀である事、ご理解ください。

施主さんが、あくまで「感情論」に、走るのであれば、何も実利が無いのを承知の上で、「お気のすむまで、どうぞ。。。」としか言いようがありません。

＞やっぱりうちは悪くない

最初に「指示系統」をお聞きしたのは、多分、、、そのあたりに、何か問題があって、どちらが悪いという事では無く、双方認識が異なっているのかな？と思った次第です。

特に、「船頭」が多くなると、なかなかね、、、ケアマネさんとしても、調整はご苦労が多いと思います。

ましてや、施主さんが、障害をお持ちだと、「被害」に関しては、過敏になりがちで、ご自分を全て「是」とした上での発言が多くなるような気がします。

実際は、「お互い様」のトコはあるはずなんですけどね。
そのあたりで、工務店さも感情的になってしまうのでしょう。。

補助金も絡んでいるでしょうし、関係者が多く、大変かと思いますが、うまく対応なさってください。