柱の面材の品種2種と写真ではまずございます。
この面材の品質２種とは、節などによる欠けが軽微であるばあいです。ですので材料としての品質は問題ないと思います。
大工さんが柱をかけさせたりとありますが程度が不明なためこの場では一概には言えませんが、写真の節程度のかけであれば通常は問題ないと思われます。
（構造計算や設計図書で構造材の品質が１種と指定があれば話は別ですが）
まずは、建設会社・設計者等を信頼し説明をその都度受けていただき工事をお勧めください。あまり疑心暗鬼で聞かれるのも相手側も気持ちとしては良くありません。一生に１度のことでしょうから、心配な気持ちになるのも良く分かりますが、ご自身で選んだ建設会社・設計者ですのでそのこともお忘れなく。