言い方が悪いかもしれませんが、
良いハウスメーカーではなさそうです。
これからも、家建てには注意が必要です。

かぶりが確保できていない状況です。
基礎工事が終わったら、すべてチェックして
補修する必要があるにもかかわらず、
チェックがなされていません。
大至急、依頼してください。

ひとつ工務店さんの肩を持たせて下さい。

写真から推測できることはこの基礎、一体打ちで施工したのではないでしょうか。生コンを打設する際に、通常ベタ基礎ですと耐圧板→立上りと二度に分けて打設するのですが、それを一階でまとめて打設する工法があります。この方がコンクリートが一体になり、強度が高くなります。基礎を壊すときに全然違うんですよね。立上り基礎の際に枠の痕が残っているので、おそらく一体なんじゃないかと。

そうすると、型枠を組む際に建枠を宙に浮かさないといけないため、ウマを鉄筋で作ってその上に枠をのせることがあります。その際にその鉄筋は躯体の鉄筋とはくっつかないように配慮します。(錆が映らないように。）それで何ら問題ないと思いますが、木になるようであれば、その部分に防錆塗料を塗るくらいでしょうか。

基礎施工時に気付かなかったのではなく、そういった考えで行っていない可能性はありますので、ご確認ください。一体打ちは慣れてないと難しい工法ですので、そういう意味では技術的に信頼できる工務店さんだと思います。疑いながら施工してもらうよりは信頼していい関係を保てる方がお互い気持ちが良いことですしね。良いお家ができることを願います☆