結論から申し上げて吹き抜け部分をアコーディオンカーテンで塞いでも効果の多くは気体出来ません。
温かい空気は上昇気流なので、四方の隙間かから上昇してしまいます。
取り外し式するのであれば、畳二畳分なら透明アクリル板二枚に補強材を入れて塞ぐ方法が賢明かと思われます。

　現実的には、間取りや断面形状がわかりませんので、お答えしにくい話ですが、一般論でいえば、単純に「吹き抜けを塞ぐ」ようなことには不安要素があります。
一例ですが、冬期間のみ塞ぐということであれば、その部位での断熱気密性能にほぼ間違いなく不足がでます。断熱が不足すれば、塞いだ空間にある「冷気」は、ダウンドラフトとなって下階の床を走り抜けます。何となく寒いとか、寒い気がするとかではなく、本当に寒い空気に当たることになります。
　吹き抜けの形状、また、吹き抜けの存在理由にもよります。
吹き抜けの存在理由が、たとえば下階の暖房熱を上階に行き渡らせるというような目的に沿って、うまく使うことで、暖かい快適な環境を得ることが出来るとも思えます。