とても対応が悪く気分を害されているのは重々承知しておりますし、工務店に非があることは誰が見てもわかることなのですが、その工務店に対して任せすぎなところがあると思います。木材利用ポイントの申請は代理申請で業者が行うことが多いですが、施主様がご自身で申請を行うこともできます。代理で申請をしてくれているところを当たり前のように要求するのは、納得がいかないかもしれませんが少し的が外れているように感じます。申請諸経費などを請求されているのであれば別だとは思いますが。

また、時間がかかりますと案内があったようで、その上で申請もまだというのは論外ですが、急ぐのであれば即時交換にしてその浮いたお金でベッドなどを購入される方法もあったと思います。工務店側からそのような提案がなかったことは残念ですが、おそらく申請自体に慣れていないのでしょう。昔からある制度ではないのでありがちなケースです。ホームページなどでも一般の方にもわかりやすく解説されてますので、そういったところも確認されるとよいでしょう。

工務店側の不備にてご契約内容と変わってしまったことは残念でしたが、すでにお引渡しを受けて解決してしまっていると思います。なんども催促して申請を促すか、ご自分で申請を進めるしか方法はないように思われます。懲らしめる必要があるかどうかは判断しかねますが、この先のメンテナンス等の付き合いを考慮するとことを大きくすることはあまり得策ではない気がします。

最後にこちらの回答者の特にアドバイザーとなっている方々は身分を明かしている上でボランティアで回答をされております。回答されっぱなしではがっかりすることもあるのかと思います。ぜひその後の経過などを差し支えない範囲で教えていただくとその後の糧になりありがたいと思います。

正直なところ、建築の専門的な問題とは違い、あくまで事務的な問題かと思います。色々な形態がありますので、私の経験からのアドバイスが絶対的に正解とは限らないことはご了承ください。

当時、申請を工務店がやると言われたのならそれに従うのが通常ですね。ただ進んでおらず、催促してもまた停滞すると思われるのであれば、ご自分で進めたほうが確実なのではと思いました。工務店に用意をしてもらう資料などもあるのでその辺の催促は免れませんがハードルは低くなると思います。意外と簡単です。我々も最初は初めてですが問題なくできますので。申請に何度も行ったことがあるのはさらに下職の木材業者なのかな？って思いました。わからないので下職にやらせているのでは。

穏やかに待つか怒鳴り込むかなんですかね。法的に何か対処しようにも損害を受けていることがないので、催促を続けるしかないんじゃないでしょうか。
もし私がその工務店の担当でしたら、怒鳴り込まれたらさすがに動くしかないと思います。それが将来的に良いかどうかはその人それぞれだと思います。信頼を失っている様子ですが、それを回復する気がそもそもあるかどうかもありますし、保証書やアフター規約と相談し今後の付き合い方を考える必要もありそうですね。ちなみに多くは、構造躯体と雨漏り10年以外の保証は1、2年で切れます。5年の防蟻保証がある可能性がありますが、防蟻業者が直接保証してくれるケースが多いです。ほかキッチンなどのメーカーのメンテナンスも直接手配ができます。その他の家の一般的な困り事に対してその工務店が頼りになるかどうか。